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翌日，天色大亮之际，马超再次率部对长安的内城发起了总攻。
此刻，董卓意外身死的事情，还没有传扬开来，马超自然是不敢懈怠的，集中优势兵力，发动了这场全面的强攻。
但是令马超感到意外的是，今日的战斗相比昨日，竟是显得轻松了许多，似乎内城董卓所部将士们的抵抗之心，明显比昨日降低了数个等级，应对起马超各部人马的进攻时，也是显得有些心不在焉。
开始的时候，马超只是感到奇怪，但却并没有太放在心上，可是随着战斗的进程，目睹了敌军一触即溃的战斗形势，马超很快就意识到了不对，连忙派出探马潜入内城打探消息，这才得知就在昨夜，因为董卓强行霸占了董贵妃，引起了刘协的极度不满，竟是从背后一剑将董卓刺杀当场了。
纸始终包不住火，董卓的部下又并非是密不透风的铁板一块，尤其是董卓死后，他们的军心自然便更为的涣散，再加上马超探子的精明，很快便将这段刚刚发生的秘闻探听了出来。
得知董卓已然身死，刘协也已出逃，现在的长安城完全就像是一盘散沙的情况后，马超当机立断停止了大部队的进攻，而是改用了围而不攻的政策，准备利用城中饮水匮乏的条件，逼迫内城的敌军主动开城投降，从而减少自己部队的作战损失。马超相信，以董卓残部将士现在的心态，他们是绝对坚持不了几日的。
果不其然，正如马超所预料的那样，内城的敌军在勉强抵抗了数日之后，便开始出现大面积的混乱，许多抵抗不住绝望和恐慌情绪的将士，主动打开了城门，向马超纳降。
就这样，马超几乎是兵不血刃的便占据了内城，成为了真正的长安之主。
全面接管长安城之后，马超立刻派出郑泰前往城中给出张贴告示，安抚民心，并同时给断绝了水源的普通老百姓们送去了定量的饮水，在战争中遭受损失的，全部按照市价予以补偿。
郑泰本来就是朝中的大臣，多年前便与朝中的一些大臣们相识，他的出面，很快便赢得了跟随刘协一同被迫来到长安，却又遭到了刘协抛弃的大臣们的信赖。以蔡邕为首的一班名士、大臣，也开始频频出现在街头，宣扬着郑泰的纯良以及马超的忠正。在他们的配合下，郑泰很快便完成了安抚的工作，令长安城中无论是大臣们还是普通的老百姓，终于压下了内心中的惊恐，开始接纳马超这个新的主人了。
其间，还有一件有趣的事情发生。董卓生前残暴无道，所以在他的尸身一直被暴晒在烈日之下，遭万民唾弃。可偏偏名士蔡邕却对董卓抱有旧念，在协助郑泰安顿好了百姓们之后，哭着来到了董卓尸体前，亲手为其收尸。对此，马超也是颇有感慨，无论是如何残暴之人，他们的内心深处，必定还是多少会存有一丝情谊的。若非董卓生前对蔡邕另眼相待，怕是以蔡邕之名声，是绝不会哭着来给他收尸的。
对于蔡邕的举动，马超也没有阻止，任由他去了。
在安抚民众的同时，马超亲自来到军中，对投降的董卓残部将士进行筛选和整编。董卓部下共有七、八万人之多，在先前的战斗中，几乎没有遭受什么损失，损失最大的是长安城内各个势力的私兵，他们完全被董卓当做了炮灰来使用，因此损失惨重，大部分的势力经此一役，都陷入了有史以来的最低谷，呈现出一蹶不振的状态。当然，也正是因为董卓当初没有想到马超进攻长安的决心，昏头昏脑的派出这些私兵炮灰，才导致马超仅用了一天的时间，便攻克了外城，占据了有利的战略位置。
董卓残部的将士们，在战后还有五万多人。对这些将士，马超依旧是遵循着之前他亲自制定的规则，心存忠义的，录入军中，从最底层的士卒开始做起；而心术不正的，则是予以遣散，令他们去自谋生路；至于心生邪念的，不用说，对待此种败类，马超的做法，从来都是在他们脆弱的脖颈上痛快的赏赐一刀，送他们下地狱去接受惩罚。最后，马超在数万降军中，筛选出了近两万名可用的士卒，编入了自己的军队中，此外还选出了七千名青壮劳力，交给了俄何烧戈，由他带回草原区，充当牧区的劳动力，促进牧区的经济发展。
借着整编降军的机会，马超还大刀阔斧的对长安城中，已经名存实亡的各个势力进行了整顿。马超以冠军侯之名，以开府仪同三司的权力，将长安城中的士族全部除名，不但废除了他们所拥有的特权，还没收了他们的土地，并对这些土地进行了再分配，让大片的土地重新回到了劳动人民的手中。
很久之前，马超就想对士族的势力动手了，只是因为士族是这个社会的历史产物，根深蒂固，绝不是一朝一夕之间便能清除掉的。马超可是很明白，士族的特权，是限制整个社会向前发展的最大障碍，所以他必须要对士族进行打压，改行以军功、战功等功勋为升迁依据的制度。